Основные цели исследований Полярного института - разработка биологических основ рационального рыболовства в Северной Атлантике, морях Северо-Европейского бассейна и Западного сектора Российской Арктики; рыбохозяйственные исследования во внутренних водах, аквакультура; мониторинг антропогенного загрязнения морских экосистем; разработка и совершенствование технических средств и методов в рыбохозяйственных исследованиях; решение международных проблем в области рыболовства и научно-техническое сотрудничество с зарубежными странами.